La Fundación General de la Universidad de Alcalá cuenta con centros propios y colabora en la gestión de los siguientes centros de investigación de la Universidad de Alcalá:

• Cátedra de Medio Ambiente
• Cátedra de Fomento-Arquitectura
• Instituto de Estudios Latinoamericanos (IELAT)
• Instituto de Evolución en África (IDEA)
• Instituto de Fisioterapia del Dolor
• Unidad de Calidad Asistencial