La Fundación General de la Universidad de Alcalá colabora en la gestión de los siguientes centros de investigación de la Universidad de Alcalá:

• Centro de Química Aplicada y Biotecnología (CQAB)
• Grupo de Cristalografía y Química Estructural (GCUAH)
• Centro de Alta Tecnología y Homologación (CATECHOM)
• Real Jardín Botánico Juan Carlos I
• OTRI
• IAES
• Ecocampus