La Universidad de Alcalá está desarrollando este proyecto de investigación, conservación y divulgación sobre flora y medio ambiente en su campus universitario, en una parcela de 26 Ha que alberga muy importantes colecciones científicas y ornamentales de plantas y es un recurso experimental y didáctico para estudiantes universitarios, escolares y público en general.

La transformación de estos terrenos, eriales que hasta 1975 formaban parte del antiguo aeródromo de Alcalá, ha supuesto también el establecimiento espontáneo y confiado de importantes poblaciones de la fauna del entorno silvestre, hasta ahora mucho más alejadas del núcleo urbano, liebres, conejos, perdices, zorros y numerosas aves propias de la campiña a las que, por el efecto de llamada del nuevo lago del jardín botánico se han sumado, en los últimos, años anfibios y aves singulares propias de zonas húmedas (garza y ánade real, martín pescador, focha, zampullín, garcetas, carriceros y numerosos pájaros).

El Jardín Botánico se está desarrollando con la colaboración de la Consejería de Medio Ambiente, Vivienda y Ordenación del Territorio de la Comunidad de Madrid, que ha financiado importantes obras como las de la Rosaleda Histórica, el Lago, el Auditorio y el Edificio de Servicios y Pabellón de Exposiciones, y que también ha colaborado en la implantación del Programa de Educación, Sensibilización, Divulgación y Promoción Ambiental.

El soporte administrativo lo proporciona la Fundación General de la Universidad de Alcalá, que financia la Oficina Técnica del Jardín Botánico que, desde el inicio del proyecto, orienta, diseña y dirige los elementos, recintos, proyectos de jardines y actividades del Real Jardín Botánico Juan Carlos I.